Contexte de la formation

La conservation de la faune est un enjeu majeur connu de tous. Pour protéger ces espèces, il est essentiel de disposer de données scientifiques fiables sur leur abondance, leur répartition et leur comportement.

Les caméras trap sont des outils précieux pour la collecte de données sur la faune sur une large gamme d’espèces. L’analyse de ces données est une compétence essentielle pour les conservateurs de la faune et les chercheurs. En analysant les images et vidéos capturées par les caméras trap, il est possible d’estimer l’abondance des populations animales, de suivre leurs mouvements et d’identifier les facteurs qui menacent leur survie. La maîtrise de l’analyse des données de caméra trap est donc indispensable pour mener des études de conservation rigoureuses et efficaces.

Cependant, cette compétence est lacunaire. En plus, il existe peu de ressources complètes pour aider les conservateurs ou chercheurs pour apprendre eux-mêmes. Quelques-unes disponibles sont en anglais, ce qui fait d’obstacle pour certains. Pour combler ces vides, nous initions une formation gratuite et complète sur la gestion et l’analyse des données de caméras trap. C’est un besoin qui se manifeste après une vidéo postée sur notre chaine YouTube au sujet il y a quelques mois. Cette formation a pour objectif de fournir aux participants les connaissances et les compétences nécessaires pour analyser les données de caméra trap avec R.

Objectifs

Cette formation vise à :

• Disposer des ressources aux participants sur la gestion et analyses des données des caméras trap;
• Renforcer les capacités des conservateurs de la faune, chercheurs et apprenants en matière d’utilisation des caméras trap et d’analyse des données et
• Encourager l’utilisation de R comme outil d’analyse des données de caméra trap dans la communauté de conservation de la faune.

Format

La formation sera dispensée en ligne, sur la chaîne YouTube de l’ONG Naben. Les modules seront postés régulièrement, à raison d’une ou deux vidéo(s) par semaine. Des exercices pratiques établis avec de ressources supplémentaires.

Contenu de la formation

La formation suivra les modules ci-dessous. L’ordre et le contenu seraient susceptibles d’être changé dépendamment du feedback des participants. Le changement consistera plutôt à ajouter de contenus, que de retrancher.

Module 1 : Introduction à la formation et aux caméras trap

Module 2 : Terminologies associées aux caméras trap et bonnes pratiques de leur utilisation

• Vocabulaire associé aux caméras trap
• Méthodes à adopter pour la collecte effective des données
• Recommandations/Conseils

Module 3 : Les systèmes de gestion des données des caméras trap

• Quelques outils existants et leurs avantages et insuffisances
• Prévaloir les outils à préconiser pour la formation

Module 4 : Initiation à R

• Introduction à l’environnement (installation et configuration) R;
• Les types de données et les structures de données en R;
• La liste, les fonctions, les boucles, etc. avec R;
• Opérations de base sur les données ;
• Visualisation des données

Module 5 : Utilisation du package camtrapR et d’autres packages connexes (overlap, unmarked, etc.)

• Installation et chargement des packages (bonne pratique)
• Organisation/structuration des données des caméras trap
• Explication de comment fonctionne camtrapR et son dépendant exiftool
• Prise en main des données de date d’heure
• Méthodes d’identification des espèces et individus sur les images
• Extraction des données avec camtrapR

Module 6 : Visualisation et Analyses des données

• Modèles d’estimation de la densité
• Visualisation des données historiques des caméras trap
• Carte de distribution des espèces dans l’espace d’étude
• Analyse de Kernel Density (pattern activity) d’une espèce et recouvrement entre deux espèces
• Analyse d’occupancy d’une espèce